Obwohl die jemenitische Bahá’í-Gemeinde im Laufe der Jahre freundschaftliche Beziehungen zu den Behörden und der jemenitischen Gesellschaft im Allgemeinen unterhielt, sah sie sich auch mit zunehmenden Herausforderungen konfrontiert. So nahmen die Behörden beispielsweise im Jahr 2008 unter der Präsidentschaft von Abdullah Ali Saleh sechs Bahá’í aufgrund ihres Glaubens vorläufig fest und wiesen schließlich sogar zwei von ihnen aus. Im Dezember 2013, wurde Herr Hamed Kamal bin Haydara von den Behörden in Sana’a inhaftiert und wegen verschiedener unbegründeter Tatvorwürfe angeklagt, darunter eine vermeintliche Tätigkeit als Spion für Israel.
Im August 2016 verhafteten die Behörden der damaligen Huthi-Saleh Allianz in Sana’a mehr als 60 Personen – unter ihnen auch Stammesangehörige, Männer, Frauen und Kinder – auf einer Jugendfreizeit, durchsuchten Wohnhäuser der Bahá’í, beschlagnahmten ihre Telefone und Ausweisdokumente und drängten ihre Angehörigen und Freunde zur Zahlung von Kautionen. Die Behörden beschuldigten sie der „Gefährdung der öffentlichen Ruhe“ durch Praktizieren des Bahá’í-Glaubens sowie der Zusammenarbeit mit der „Nida Foundation for Development“, die sich der humanitären Katastrophe im Jemen widmete. Auf internationalen Druck hin ließen die Huthi-Behörden alle Gefangenen bis auf Herrn Keivan Muhammad Ghaderi wieder frei.
Eine weitere Verhaftungswelle unter ähnlichen willkürlichen Vorwürfen betraf im April und Mai 2017 30 Personen in Sana’a und Hudaydah, darunter einen namhaften jemenitischen Stammesführer, Herr Walid Ayyash und zwei weitere Bahá’í, die sich noch heute in Haft befinden. In dieser Phase gab es auch erste Hinweise darauf, dass das Nationale Sicherheitsbüro und der mit diesem in Verbindung stehende Staatsanwalt Rajeh Zayed den Entschluss fassten, die Bahá’í der Spionage für Israel und der Gründung sicherheitsgefährdender Zellen zu bezichtigen.
Am 22. Oktober 2017 überfielen die Huthi-Sicherheitskräfte eine Bahá’í-Versammlung in Sana’a und eröffneten das Feuer auf die kleine Gruppe von Menschen, die sich versammelt hatten, um einen Bahá’í-Feiertag zu begehen. Der Angriff ereignete sich im Familienhaus des bereits inhaftierten Herrn Walid Ayyash. Die Angreifer sollen sich in vier Autos und einem gepanzerten Fahrzeug befunden haben, mit dem sie die Haustür des Hauses durchdrangen. Sie verhafteten den Bruder von Herrn Ayyash, Herrn Akram Ayyash, so dass die Gesamtzahl der Bahá’í, die derzeit inhaftiert sind, auf sechs stieg. Den internationalen Bemühungen, diese Personen in einen Gefangenenaustausch einzubeziehen, widersprachen die Huthi-Behörden.
Erst Ende Juli 2020 wurden die sechs inhaftierten Bahá’í, auf massiven internationalen Druck hin, aus ihrer willkürlichen Haft entlassen.